龟头疼痛流黄色液体可能是由于龟头炎、淋菌性尿道炎、尖锐湿疣等疾病引起，需根据不同的病因采取不同的治疗措施，具体如下：

1、龟头炎：指龟头部由感染、外伤或刺激等各种因素引起的阴茎头或包皮的炎症，需注意的是，由病原体感染造成的龟头炎最为常见，如念珠菌、厌氧菌、需氧菌等，临床表现为龟头部位疼痛，可见黄色液体流出，龟头局部皮肤黏膜的红肿、糜烂等。治疗方面可在医生指导下给予克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、甲硝唑乳膏局部涂抹，直至症状消失，如果症状严重者给予口服氟康唑胶囊。针对包皮过长或包茎导致包皮龟头炎反复发作的，在炎症消退后，建议患者行包皮环切术，对于癌前病变龟头炎表现，可行局部切除术、光动力治疗、冷冻治疗等。

2、淋菌性尿道炎：由淋球菌引起的尿道炎症，主要通过性接触传播，可表现为龟头疼痛，尿频、尿急，大量黄色脓性分泌物。治疗主要为抗菌药治疗，可在医生指导下给予阿莫西林胶囊口服，或选用盐酸大观霉素、头孢曲松钠进行肌肉注射等。患病期间避免性接触，积极配合治疗，建议治疗后3个月后复查。

3、尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，几乎通过性接触传播。尖锐湿疣通常没有症状，部分可有阴茎的异常分泌物，龟头疼痛，并在龟头、阴茎部等发现单个或多个淡红色小颗粒，皮损后期逐渐增多、增大，表面可有糜烂、破溃、感染。患者需在医生指导下选用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等局部涂抹，也可通过物理治疗的直接破坏作用来清除皮损，如冷冻治疗、电灼治疗、微波治疗等。