跑完步后心脏隐隐作痛时间长可能是由于心脏神经官能症、病毒性心肌炎、冠心病等原因引起。应根据不同病因采取不同的治疗措施：

1、心脏神经官能症：发病可能与神经类型、环境因素、遗传因素和性格有关。心脏神经官能症的症状有心悸、呼吸困难等症状，严重的患者还会出现跑完步后心脏隐隐作痛时间长的情况。患者可以选择阿普唑仑片、氟哌噻吨美利曲辛片、琥珀酸美托洛尔缓释片等药物对症治疗，处方药物需要在医生的指导下使用。

2、病毒性心肌炎：病毒性心肌炎是由多种病毒感染所致，经常是由于呼吸道感染未得到有效的控制而继发的病毒感染。症状为肌肉酸痛、恶心、呕吐、腹泻、胸前区压迫感、胸痛、心悸等。此外，患者还会出现跑完步后心脏隐隐作痛时间长的情况。在治疗上要注意休息，避免剧烈的运动。亦可以在医生的指导下口服参芪复脉颗粒、心欣舒胶囊或者使用注射用烟酰胺等药物进行治疗。

3、冠心病：心肌供氧量不能满足需氧量的时候，心肌处于缺血状态，就会有心绞痛的症状。表现为发作性的心前区的紧缩感、憋闷感，患者还会出现跑完步后心脏隐隐作痛时间长的情况。可以在医生的指导下使用硝酸甘油舌下片、单硝酸异山梨酯分散片、阿司匹林肠溶片等药物。如果服药后无法缓解，需要进一步行冠状动脉造影检查，明确冠状动脉是否有问题，必要时行支架植入术。