小儿疱疹性口腔炎的预后一般良好，通常7-10天即可愈合，只有极少数有播散性感染的患者，会引起中枢神经系统和内脏器官的感染。

在前驱期，小儿接触到疱疹病毒4到7天后，会出现发烧的症状，发烧一两天后，口腔会起水疱，尤其是一些口腔黏膜和嘴唇，水疱很快破裂，就会形成糜烂面，类似于口腔溃疡，然后在7到10天之后，糜烂面会逐渐愈合，整个病程约为7到10天。

治疗上在医生指导下使用核苷类药物，是抗单纯疱疹病毒最有效的药物，例如伐昔洛韦、泛昔洛韦和更昔洛韦等，积极治疗全身性疾病，如感冒和发烧，平时学习应与休息，避免过度的压力；重病的患者应卧床休息，保证饮入量，维持体液平衡，有进食困难的患者可以静脉补充营养，多喝水并补充维生素B和C等。