跑步膝盖不舒服，考虑是过度劳累、膝关节软骨损伤、髌韧带止点炎症等引起。建议查明原因后进行针对性治疗。具体如下：

1、过度劳累：跑步时间过长或者跑步幅度过大，可造成膝关节局部的韧带或者半月板以及骨头摩擦损伤，出现跑步膝盖不舒服的情况。轻微的疼痛通过多休息、局部冰敷后可以缓解恢复的，一般不需要做特殊处理。但是如果拉伤或者半月板损伤比较严重，除了休息外，还需要同时局部热敷或者针灸等方法进行治疗。

2、髌韧带止点炎症：跑步时髌韧带与髌骨连接部位，在运动过程中受到反复牵拉，可以发生损伤，形成局部炎症，就会导致膝盖不舒服的症状。应佩戴护膝，同时避免蹲起和上下楼动作，可以口服塞来昔布或者洛索洛芬钠，也可以采用体外冲击波治疗，可以消除炎症，并且促进炎症吸收，缓解疼痛的症状。

3、膝关节软骨损伤：膝关节软骨损伤可以见于外伤、内部关节磨损及炎性刺激等，当膝盖受到外力碰撞挤压后，会首先造成软骨的伤害，关节内由于退变会使磨损加剧而导致软骨受损。当软骨损伤后就会失去保护关节的作用，活动后如跑步，就会造成膝盖不舒服的表现。治疗上应限制活动，然后锻炼股四头肌，同时配合超短波治疗、微波治疗，并且可以口服非甾体抗炎药物，如洛索洛芬钠、布洛芬、塞来昔布等缓解症状。如果病情比较严重，需要行关节镜手术治疗，磨平毛糙的关节面，恢复关节的光滑度。