甲硝唑栓塞肛门，因为属于是局部用药，所以如果不对甲硝唑类药物过敏，且操作正规，一般不会有什么副作用；但如果是对甲硝唑类药物过敏的患者，可能会出现肛门局部灼热，瘙痒，皮疹等副作用，此时建议应该立即停药，可在医生指导下口服氯雷他定片等药物缓解症状，同时也可以用高锰酸钾溶液坐浴。

甲硝唑栓剂主要作用是抗细菌感染，常用来治疗女性细菌性阴道炎以及滴虫性阴道炎，肛门、直肠的厌氧菌感染等，有效帮助消除炎症。由于口服甲硝唑药物对消化系统副作用较大，患者容易产生恶心、呕吐的副作用，所以临床常塞肛用，用于痔疮、肛管炎、肛周脓肿或者直肠炎的治疗，可以直达病灶，减少口服药对于胃肠道的刺激，减轻药物对肝肾功能的损害。

医治期间患者注意要清淡饮食，禁食辛辣刺激的食物，多喝温水，多吃新鲜的水果蔬菜，确保排便通畅。还可以配合高锰酸钾坐浴。