根管治疗3年后牙龈处出现脓包，可能是超充、牙周炎、根尖周炎等原因引起的，应根据不同病因采取不同的治疗措施，具体如下：

1、超充：由于根管治疗时医生操作不当，使化学物质或者根充材料到达根尖周组织，这些材料对根尖周产生慢性刺激作用，从而诱发炎症反应，随着疾病的进一步加重，出现根尖周脓肿，临床上表现为牙龈有脓包。这种情况下，患者应该立即就医。脓肿较小时，可以打开髓腔进行脓液的引流；脓肿较大时，可直接切开排脓，局部封药进行安抚治疗，同时可以口服阿莫西林、头孢他啶、甲硝唑等药物控制炎症。待炎症控制后，脓液完全清除后，再进行根管治疗以及清除牙周袋内的菌斑和结石；嘱咐患者积极维护口腔卫生，并且定期复查。

2、牙周炎：也可能是因为患牙存在严重的牙周炎，有深牙周袋，细菌通过牙周袋到达根尖周组织，使根尖周产生慢性化脓性炎症，从而现为牙龈有脓包。治疗方面，首先切开脓肿进行排脓，然后进行牙齿洁治，去除附着在牙面上的菌斑结石，并且用过氧化氢溶液冲洗牙周袋，清除袋内积攒的细菌，牙周炎症控制后，脓液生成慢慢减少，脓包会逐渐消失。

3、根尖周炎：根管治疗时使细菌进入根尖周组织，引发根尖周炎症，不及时治疗者，会进一步加重，成为化脓性炎症，脓液累积到一定程度时，会在牙龈上形成脓包，之后形成瘘道。出现这种情况时，应该立即切开脓包，进行排脓，然后清除根尖周的感染组织，控制炎症，用复方氯己定含漱液局部清洗，炎症消退后，牙龈脓包即可消失。