早晨起来喉咙里有黑褐色的痰液，此情况可能提示痰液中含有血性分泌物，这种情况可能是由慢性咽炎、支气管扩张、肺癌等因素引起的，具体原因和治疗如下：

1、慢性咽炎：是咽部黏膜的慢性炎症，长期的慢性炎症因子的刺激，会使得咽部黏膜充血水肿，在轻微的刺激下就会引起出血，这时血液与喉咙里的分泌物混合后就形成了黑褐色的痰液。这时，需要远离刺激性环境，如多粉尘、寒冷的环境，避免刺激咽部黏膜，同时可以含服含片治疗，如西地碘含片、西瓜霜润喉片、复方熊胆薄荷含片等，有消炎利肿的作用，需遵医嘱使用。

2、支气管扩张：指反复的气道感染与炎症所导致的支气管与细支气管的不可逆扩张。这时由于支气管内小静脉的破裂以及气道内分泌物的增加，其混合后就会出现喉咙内有黑褐色痰液的症状。对于有感染症状的患者，可以在医生指导下服用抗生素进行治疗，如头孢克肟片、头孢克洛胶囊、头孢呋辛酯片等。对于出血严重的患者，可以施行病变肺叶切除术、支气管动脉栓塞术等外科治疗。

3、肺癌：是肺部的恶性肿瘤性病变。这时由于肿瘤细胞对血管的侵蚀作用，会使血管发生不同程度的出血，这时就会有痰中带血的表现。这时，首选手术治疗，如肺段切除术、肺楔形切除术、肺叶切除术等，对于晚期患者，还需要进行辅助化疗，常用的药物有顺铂注射液、卡铂注射液、紫杉醇注射液等，需在医生指导下使用。