肛瘘手术后通常至少需要一个月到两个月左右的时间才可以跑步，具体时间需要根据肛瘘的严重程度、术后恢复情况而定，具体分析如下：

若是单纯的浅表的肛瘘，并且术后恢复相对较快，没有出现术后感染的情况，通常在术后一个月左右就能适当进行跑步；若是瘘管比较深，并且瘘管的数量比较多，术后的创面比较大的患者，则恢复的时间通常需要一个月以上，甚至需要两个月左右的时间才能够适当进行跑步的运动。同时，由于患者在行肛瘘术后体质较弱，应尽可能避免长时间的剧烈跑步，可以在身体允许的情况下进行适当的慢跑，以增强身体素质，有利于创面的恢复。肛瘘手术后患者还应当注意保持肛周的清洁，可以经常采用温盐水、高锰酸钾溶液坐浴或熏洗，以改善肛周的微循环，消毒创面，有利于促进伤口的尽快愈合。