乳头内陷伴有疼痛可能是由于不合适的内衣刺激、浆细胞乳腺炎、乳头湿疹样乳腺癌等原因引起的，具体如下：

1、不合适的内衣刺激：部分女性在乳房发育期穿过紧的内衣，因为胸部紧束，出现血液循环障碍，容易导致乳头凹陷，同时因为内衣过紧摩擦到乳头，使乳头局部发炎，可导致乳头出现疼痛。

2、浆细胞乳腺炎：主要是因为乳腺导管上皮不规则增生，分泌功能紊乱，在乳头和乳晕下大乳管内含脂质类分泌物积聚，引起乳管扩张，产生的化学物质不断刺激周围组织，引起炎症。当疾病进展到慢性期时，在乳晕区出现一个或多个边界不清的硬结，和皮肤粘连，使皮肤呈橘皮样改变，引起乳头内陷并伴有疼痛。同时还会出现乳头溢液、乳晕下肿块、乳晕旁脓肿，以及腋下淋巴结可触及肿大的症状。

3、乳头湿疹样乳腺癌：主要是认为Paget细胞起源于乳腺深部的导管，通过输乳管迁移至乳头上皮，由于大量的肿瘤细胞对乳腺导管的侵犯，导致乳腺导管阻塞，从而引起乳头内陷并伴有疼痛。部分患者还会表现为乳头瘙痒、烧灼感、乳房触痛乳头红肿、皮肤增厚等表现。