脚踝内侧骨头突出即内踝，内踝骨头突出疼痛有可能与腱鞘囊肿、骨折愈合畸形、痛风性关节炎等原因导致，可根据不同原因具体分析，具体如下：

1、腱鞘囊肿：腱鞘囊肿可导致脚踝内侧骨头突出疼痛。如果踝关节劳损，可导致内踝侧副韧带损伤，甚至出现腱鞘囊肿，使内踝骨头表现为突出症状且伴有疼痛，由于质地通常较硬，可使患者误认为是骨头突起，实际为软组织。

2、骨折愈合畸形：当患者遭受外力过大时，可导致脚踝骨折，如果在脚踝内侧骨头骨折后没有完全复位，畸形愈合可引起局部凸起，并在按压时有疼痛，即脚踝内侧骨头凸起疼痛，此时患者也会出现脚踝内侧骨头突出疼痛的情况。

3、痛风性关节炎：痛风性关节炎可累及脚踝内侧骨头，痛风结石在脚踝内侧骨质沉积，造成局部骨质侵蚀破坏，引起局部发炎、水肿，并形成凸起，引起疼痛，此时也可能会导致者出现脚踝内侧骨头突出疼痛的情况。