三代试管婴儿可以避免多种遗传疾病，但是不能完全阻断遗传病。该技术其主要是用于检查胚胎是否携带有遗传缺陷的基因。

第三代试管婴儿的原理是精子和卵子在体外结合形成受精卵，体外培养发育成胚胎后，在其植入子宫前进行基因检测。因此在移植前就能发现有缺陷的胚胎，这样就能很大程度避免了因为胚胎质量有问题而引起后期问题，比如胎停育、流产等。

第三代试管婴儿可以排除的遗传病有很多，比如常染色体显性遗传病、常染色体隐性遗传病、X连锁显性遗传病、X连锁隐性遗传病、染色体病、单基因遗传病（如地中海贫血，血友病，营养不良等）、多基因遗传病（如精神分裂症、重症先天性心脏病等）。在染色体和基因引发的遗传病上，第三代试管婴儿技术可以有效的进行预防，但是该技术不能完全阻断遗传病。