能引起肛门里面神经时不时痛的疾病有很多，考虑是肛门部肠管疾病造成，如肛瘘、肛裂以及痔疮等，需要明确病因后进行针对性的治疗，具体如下：

1、肛瘘：是肛周脓肿病情进一步严重进展所形成的，一般继发于肛周脓肿破溃之后或引流术后。肛周脓肿如果破了没有及时就诊，绝大多数肛管周围脓肿自行破溃以后，迁延不愈会引起肛瘘，通常伴有内口与外口以及潜在的窦道，肛门旁会出现漏道口，直肠的分泌物及粪便会从漏道口流出，会出现肛周皮肤反复感染出脓及流出粪便的症状，也会出现肛门里面神经时不时痛的症状。大多数单纯性的或简单性的肛瘘，通常行挂线治疗可以治愈，少数患者因多个窦道或多个内口称为复杂性肛瘘，需要行两次以上的手术挂线治疗才能治愈。

2、肛裂：一般是大便干燥、长期便秘而用力排便引起的，可出现肛门里面神经时不时痛、肛门出血等症状，是肛管皮肤的全层裂伤后形成的慢性溃疡。肛裂患者要多吃新鲜蔬菜和水果，多喝水，保持大便通畅，不要吃辛辣刺激性食物，还可以用1：5000的高锰酸钾坐浴，能够缓解肛门括约肌痉挛，减轻疼痛，肛裂用药效果不佳，可能需要手术治疗，如肛门括约肌松解术、肛裂切除术、肛管扩张术等。

3、痔疮：主要发病因素包括饮食因素，过食辛辣刺激性食物或者暴饮暴食，还可能是职业因素，久蹲、久坐、久立等因素；以及排便习惯不正常，排便时久、长期的便秘等，也容易导致痔疮发生或加重，由于肛管或直肠下端的静脉丛充血或瘀血并肿大，易出现排便时出血、肛门里面神经时不时痛、肛门瘙痒、痔赘脱垂等症状。症状比较轻微时，可以采取保守痔疮膏进行外涂；如果患者出现严重症状，如疼痛、坠胀、脱出等时，可通过切除术将痔疮去除，如外剥内扎以及吻合器PPH治疗。