停经35天有褐色分泌物，可能是由于受精卵着床、先兆流产、宫腔粘连等原因引起的，应该根据不同病因采取不同的治疗措施，具体分析如下：

1、受精卵着床：在怀孕初期，女性可能不知道自己怀孕，并由于受精卵着床不稳定或受精卵着床导致少量内膜剥落，引起阴道少量出血并随着白带一起排出，如果平时月经周期不规则的女性，此时就可能出现停经35天有褐色分泌物的症状。这种情况不需要特别注意和治疗，过几天就会自行消失，不用焦虑。

2、先兆流产：如果女性在育龄期，且进行性生活并无避孕措施，可能会怀孕，此时会出现停经35天的症状。由于没有多加注意，可能会导致先兆流产。在发生先兆流产时，阴道会有少量出血，并随着白带一起排出，出现褐色分泌物。此外，还会伴有阵发性的下腹部疼痛。首先需要休息并减少活动量，并可以在医生的指导下口服地屈孕酮片、黄体酮软胶囊；以及阴道局部使用黄体酮阴道缓释凝胶等进行治疗。如果在治疗后，阴道流血停止，超声检查显示胚胎存活，可以继续进行妊娠；如果没有缓解，需采取清宫术、刮宫术等方法及时终止妊娠。

3、宫腔粘连：女性如果存在宫腔粘连的疾病，子宫内膜不能按照周期剥脱，就会出现停经35天或有少量月经以及阴道出血的表现。由于可能出现少量出血，并随着白带一起排出，就会出现褐色分泌物。此外，还会有周期性腹痛的表现。首先需要进行手术治疗，例如宫腔镜下宫腔粘连切除术等。其次可以在医生的指导下口服阿司匹林肠溶片、阿奇霉素片、头孢克肟胶囊等进行抗炎治疗