当出现大脚趾甲不平整有波纹的症状时，主要需要考虑外伤、营养物质缺乏、真菌感染等可能，建议在明确病因后，选择合适的处理方案，具体如下：

1、外伤：当大脚趾甲受到来自外力的挤压、撞击、击打等机械性损伤时，部分组织会遭到破坏，大脚趾甲会欠缺完整性，就会出现不平整有波纹的情况。在处理上，需要避免大脚趾甲后续再次受到外伤，换用舒适柔软的鞋袜，可使用生理盐水和聚维酮碘溶液清洁消毒局部组织。

2、营养物质缺乏：当人体缺乏钙、维生素B等营养物质时，大脚趾甲的组织生成和代谢就会受到影响，外观可能出现异常，如大脚趾甲可能会不平整有波纹。在处理方面，需要明确所缺乏的营养物质并进行补充，如口服碳酸钙片、复合维生素B片补充钙、维生素B。

3、真菌感染：当大脚趾甲及其周围组织受到真菌的侵袭后，会发生炎症反应，此时部分组织会发生坏死，大脚趾甲的结构就可能被破坏，从而出现不平整有波纹的情况。此时需要积极对足部和鞋袜进行清洗，可外用酮康唑洗剂、硝酸咪康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等药物局部抗真菌治疗。