导致胃不舒服、呼吸困难气短的原因有很多，主要为胃食管反流、胃扩张、心力衰竭等疾病引起，需要根据具体原因进行相应的治疗。具体如下：

1、胃食管反流：胃十二指肠内容物反流入食管，而食管与气管均开口于咽部，反流物可通过咽部进入气管引起呼吸困难、气短等症状，反流性食管炎患者进食后还可出现胃胀不适、胃烧灼感等；还可能可出现胸骨后或剑突下烧灼感、胸痛等不适。主要的治疗方法：抑酸药物（如奥美拉唑、雷贝拉唑钠、盐酸雷尼替丁等）；促肠动力药（如多潘立酮、枸橼酸莫沙必利、盐酸伊托必利等）；还可行内镜下抗反流术。

2、十二指肠溃疡-幽门梗阻：部分十二指肠溃疡的患者可能出现幽门梗阻的并发症，可导致食物不能通过幽门口进入十二指肠，胃内食物增多，导致腹胀及饱胀感，上腹部膨隆压迫膈肌可导致呼吸困难，其他还有恶心、呕吐等不适，主要的处理方法是：禁食、胃肠减压、使用抑酸药物（奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等）、维持电解质平衡（补钠、补钾治疗等）等。

3、心力衰竭：心力衰竭时因肺淤血、肺水肿，导致呼吸困难、气短，因胃肠道淤血、肝淤血等可引起腹胀、食欲减退、恶心、呕吐等不适。主要的治疗方法有使用利尿剂（如呋塞米、氢氯噻嗪、螺内酯等）、β受体阻滞剂（如酒石酸美托洛尔、富马酸比索洛尔、卡维地洛等）、血管紧张素转化酶抑制剂（如卡托普利、马来酸依那普利、培哚普利叔丁胺等）等药物治疗。

处方药的使用需要在专业医生的指导下进行选择。还需注意促胃肠动力药物与其他药物至少需间隔一小时以上服用。