临床上对于肌肉萎缩需要根据不同的情况来进行治疗。废用性肌肉萎缩可以通过功能锻炼，康复训练来治疗，运动神经元变性可通过利鲁唑药物来治疗。一般情况下如果是废用性肌肉萎缩，比如脑梗死、脑出血或者外伤导致的瘫痪，出现的肌肉萎缩，可以通过自己功能的锻炼，康复训练等方法来进行综合治疗，也可以通过针灸等方法来进行治疗。

如果是运动神经元变性，比如肌萎缩、侧索硬化、进行性肌萎缩症这些疾病所导致的肌肉萎缩，其治疗就比较麻烦，可以通过利鲁唑这种药物来进行改善性治疗，但是不能够根治。像运动神经元病这一类疾病导致的肌肉萎缩，治疗的效果都是不理想的。