直肠子宫内膜异位症致病原因主要有遗传的因素，免疫与炎症的因素，生理因素以及环境因素的影响。

子宫内膜异位症是一种免疫监视功能混乱的遗传性疾病，对于直系亲属有直肠子宫内膜异位症病史的人群来说，有一定的家族聚集性，所以应该每年进行妇科超声检查，对疾病要做到早发现、早治疗。

生理因素主要考虑患者妇科生殖系统的解剖异常，如残角子宫、处女膜闭锁和阴道横隔等，需要对解剖异常进行修复，从而降低子宫内膜异位症的风险。

如果长期暴露在恶劣的环境中，如工业的污染，会引起患病的风险提高，还有摄入污染的食物等等，都可以增加直肠子宫内膜异位症的患病率。