结肠炎能否自愈与引起结肠炎的病因有着密切的关系。传统意义上的结肠炎，主要是寄生虫、细菌或病毒感染所引起的肠道炎症，这种病是可以自愈的。

很多病人因为感染因素促发肠道炎症，而相应的病程大于两个月以上，就要考虑是慢性的病程，此时不能单独考虑传统所说的肠炎，应该考虑是目前发病率逐渐增加的炎症性肠病。炎症性肠病的病因不清楚，有环境、免疫因素还有致炎因子所触发的。如果因为致炎因子触发免疫应答的异常，引起炎症性肠病，属于非特异性肠道炎症，主要是免疫系统异常的病人所出现的症状。治疗可能是漫长的过程，这种情况自愈的可能性不大。