胃肠炎患者可以通过使用抗感染的药物进行治疗，或者进行止泻、调节肠道菌群的药物，来进行对症治疗，缓解症状。

胃肠炎常是由于细菌、病毒等微生物感染所引起的，所以，一般来说需要使用抗感染药物进行抗炎治疗。此外，胃肠炎患者常常表现为腹泻，这时可以使用蒙脱石散等止泻药物，以及酪酸梭菌、金双歧等药物调节肠道菌群治疗。此外，还可以使用药物纠正水电解质平衡紊乱，同时需要注意的是，对于非感染因素所导致的结肠炎，这时应该需要使用氨基水杨酸类药物，或者是糖皮质激素、免疫抑制剂进行抗炎的治疗。