肾囊肿有小概率或小比例会恶变成囊性肾癌。

肾囊肿大多数是良性的疾病，恶变的概率大约在10%，主要是通过CT的增强影像学，针对结构特点进行分级，一级是单纯性的肾囊肿，属于完全良性，四级是囊性肾癌，属于恶性肿瘤，分级级别越高，恶性的可能性越大。

对于一到二级的完全偏良性的肾囊肿，一般无需特别处理，定时观察，长到5-6公分以上，就可以通过腹腔镜下肾囊肿去顶来进行治疗。对于IIF及以上的肾囊肿，需要定时随访或者是进一步做超声造影及核磁共振，对其良恶性质进行评估。如果确实结构比较复杂，例如囊壁明显增厚，伴有结节大量的钙化和分隔、内部血流信号增强等，要高度怀疑囊性肾癌的可能，必要时要做肾部分切除术送病理明确诊断。