胆汁反流是因为胃的幽门功能发生紊乱，幽门括约肌的机能失调。

正常在胃的出口有一个开关，就是幽门括约肌。放松时，允许胃内食糜通过进入十二指肠，如果幽门括约肌关不紧，则十二指肠内的胆汁可以反流入胃，造成慢性胃炎。胆汁中的胆盐可以削弱胃黏膜的保护机制，使原来分泌入胃腔中的酸，反弥散入胃黏膜，造成胃黏膜的损伤。胆盐在胃窦部刺激胃酸分泌，一方面胃酸增多，一方面胃黏膜保护机制削弱，使两者之间的平衡明显遭到破坏后，这就不可避免的产生了胃黏膜的炎症，就是胆汁反流性的胃炎。