女性卵巢的囊肿会不会癌变，要依据具体的情况而定。如滤泡囊肿和黄体囊肿，属于生理性的囊肿，一般月经过后，即可消失，不会癌变，也不用处理。还有炎性囊肿，如输卵管积水、卵巢输卵管炎，引起的囊肿、盆腔包裹性积液，这个也可以放心，不会癌变。

但是有少部分的卵巢囊肿，常见的有子宫内膜异位症，引起的巧克力囊肿，可以发生癌变，但是癌变率非常低，但是不能不重视，应该3到6个月定期复查阴道B超。

另外有卵巢肿瘤性的囊肿者，虽然大部分为良性肿瘤，但也有癌变的可能。所以对于卵巢囊肿的女性，如果囊肿小于五厘米，可以保守治疗，定期复查。如果囊肿的体积较大或者短期内生长较快者，考虑恶变者，应及时的进行手术治疗。