龟头部位长水疱可能是生殖器疱疹，也有可能是其他的疾病，例如过敏性的疾病。

常见的是生殖器疱疹，这是单纯疱疹病毒感染所引起的一种疾病，可通过一些不洁的、高危的性行为传播，是一种性传播疾病。单纯疱疹病毒可以通过密切的直接、间接接触而感染，感染之后疱疹病毒会引起局部皮肤的病变，导致局部出现一些炎症性的小水疱，伴有轻度的灼热、瘙痒或疼痛感。水疱发作痊愈后病毒还会在局部长期的潜伏，当机体免疫下降时，比如劳累、酗酒、熬夜等都可能会导致局部的水疱复发，所以这个是龟头部位长水疱常见的一种病因。其他的疾病，过敏性的疾病，比如固定性药疹或者一些重症的多形红斑，也可以导致龟头部位出现炎症性的水疱。