脊髓亚急性联合变性是在中年以后隐匿起病，男女之间都无明显的差异。多数患者的神经症状出现之前可表现为贫血，部分胃酸缺乏的患者可以合并轻度或者严重的贫血，可出现乏力、头晕、腹泻等症状。部分患者神经症状早于贫血，神经症状主要表现为手指及其周围组织的对称性感觉异常，比如麻木、刺疼以及烧灼感，呈现持续性。如果下肢症状比较重，感觉异常向上延伸至躯干。

少数患者可有对称性的手套样感觉减退，查体可见双下肢的音叉振动觉，以及关节位置觉减退或者消失，走路不稳、步态蹒跚，运动障碍通常较感觉障碍出现晚，双下肢可呈不完全性的痉挛性瘫痪，可出现肌张力增高，双下肢无力、腱反射亢进，以及病理征阳性。少数患者可发生淡漠、嗜睡、猜疑，抑郁、情绪不稳等精神症状。约有5%的患者可以出现视神经萎缩，以及双侧的中心暗点、视力减退或者失明等。