慢性非细菌性尿道炎的症状是典型的尿频、尿急、尿痛，排尿困难和排尿不尽感，伴有尿道的烧灼感、瘙痒感，以及特征性的尿道流脓，一般是白色、稀薄样的液体，量比较少，有一定的腥臭味。炎症长期刺激可以导致尿道狭窄，患者会出现显著的排尿困难、尿线变细、尿潴留，由于尿道狭窄段很长，所以治疗起来很困难。

它的严重程度比急性尿道炎轻，同时具有波动性，时轻时重。这是由于急性期的尿道炎没有得到及时规范的治疗，或者是患者有反复的不洁性行为病史，导致急性炎症反复发作，最终才会转为慢性。