儿童头疼的原因，分为颅内病变和颅外病变。

颅内病变最常见的是中枢神经系统感染性病变，如各种脑炎、脑膜炎、脑脓肿、中毒性脑病。另外，还有脑血管病，如脑出血、脑梗塞，还有偏头痛等；还有颅内占位性病变，如各种脑肿瘤；还有脑外伤后头疼。一部分小孩子有良性颅内压增高或降低，也会引起头疼。

颅外因素，有全身性的疾病，如急性感染性疾病，特别伴有发烧的时候；还有一些慢性全身性疾病，如糖尿病酮症酸中毒，尿毒症、神经官能症等也会引起头疼；还有一些高血压，也会出现头疼；还有如一氧化碳中毒等等。局部的因素，如眼睛的问题，眼压高等也会引起头疼；还有鼻炎、鼻窦炎等等都有可能会引起头疼。