小腹正中间隐隐作痛最常见的原因是慢性肠炎，同时伴有大便次数的增多或者有腹泻，主要是由于小肠蠕动过快或者痉挛所引起。

其次是女性生理期可以出现下腹部的疼痛。还有膀胱炎、盆腔炎以及前列腺炎，都可以引起下腹部的疼痛。需要做一个腹部的彩超或者CT以及尿常规、血常规检查，明确病因然后对症治疗。

以上健康科普知识仅供参考，具体情况需到正规医院进行检查，由专业医师进行判断。