卵巢囊肿有可能会影响月经周期，可能会造成月经推迟，但一般并不会导致闭经。

如果月经推迟，排除其他疾病，检查发现只有卵巢囊肿，则月经推迟有可能和卵巢囊肿有关，但如果经常性几个月才来一次月经，可能就不是卵巢囊肿引起的。

卵巢囊肿分为良性囊肿和恶性囊肿，绝大多数的良性囊肿对月经影响较小，但卵巢巧克力样囊肿对月经的影响较大。另外长得较大的囊肿可能会改变卵巢结构，压迫卵巢实质，从而影响卵巢功能，影响排卵，从而影响月经。卵巢的恶性囊肿，有内分泌功能的囊性肿瘤，往往会影响性激素水平，从而影响月经。