如果患的是急性乙型肝炎，可以通过患者自身健全的免疫系统清除乙肝病毒，从而达到乙肝表面抗体的阳转及乙肝的治愈；但是对于慢性乙型肝炎来说，目前治疗的重中之重是抗病毒治疗，即通过核苷类似物或者聚乙二醇干扰素，来最大限度的抑制乙肝病毒，使病情进展缓慢或者阻止病情进展，避免向肝硬化和原发性肝癌方向发展。

这是目前治疗慢性乙型肝炎的一个最主要的方法，即抗病毒治疗，但是现有的抗病毒口服的核苷类药物，只能抑制乙肝病毒的复制而不能根治，而干扰素通过免疫调节机体的免疫功能，可以使部分患者获得表面抗原的清除，从而获得临床治愈，不过干扰素的治疗并不是人人都能达到治愈的目标。