颌骨骨髓炎需与急性牙槽脓肿、颌骨结核以及肉瘤相鉴别。颌骨骨髓炎主要症状表现是肿胀、疼痛、多个牙齿松动、多个瘘管形成、张口受限等，在进行X线检查时主要表现为骨质破坏、骨质增生、死骨形成、骨膜反应等。

颌骨骨髓炎发病前有长期炎症病史，比如反复发作的智齿冠周炎，其次颌骨骨髓炎急性期有肿痛症状。急性牙槽脓肿通过手术切开引流后，患者的症状会明显缓解，如果未缓解，则可考虑是颌骨骨髓炎。颌骨结核在进行X线检查时可发现骨质破坏较大，并无新生情况，而且患者的其它身体部位也会存在结核病灶，可与颌骨骨髓炎相鉴别。而肉瘤与颌骨骨髓炎可通过组织病理学进行鉴别。