龟头刺痛、流脓可能是由尿道炎、包皮龟头炎、性病等原因引起的，具体如下：

1、尿道炎：尿道炎是指尿道黏膜的炎症，常由尿道损伤、尿道内异物、临近器官炎症等原因导致，临床表现为尿频、尿痛、尿急和血尿、尿道口或龟头刺痛，可有尿道分泌物，初始为黏液性，后多有脓性分泌物。所以尿道炎或者可能会出现龟头刺痛流脓的症状。

2、包皮龟头炎：包皮龟头炎是由感染、外伤或刺激引起的炎症疾病，临床表现为龟头皮肤黏膜水肿、红斑、糜烂和溃疡形成，严重者局部渗液，龟头刺痛，流脓性分泌物，如果炎症较严重者可出现发热、乏力、疲倦等全身症状，该病好发于包皮过长或包茎者。

3、性病：性病是以性行为作为主要传播疾病的一组传染病，其中淋病（淋病奈瑟球菌引起的泌尿生殖系统化脓性感染）可以出现尿道流脓性分泌物、龟头刺痛等症状，此外还有尿道口疼痛、、灼热、发痒、红肿等症状；生殖道沙眼衣原体感染（沙眼衣原体引起的泌尿生殖炎症）也可以引起尿道流脓性分泌物、龟头刺痛，其他表现还有尿痛、尿道不适等。