结肠炎可分为急性结肠炎和慢性结肠炎。如果是急性结肠炎，主要是由病毒或者是细菌感染引起；慢性结肠炎以溃疡性结肠炎、克罗恩病多见，是一类由多种病因引起的、异常免疫介导的肠道慢性及复发性炎症。有终生复发倾向，是由环境、遗传、感染和免疫，多因素相互作用所导致。环境因素主要包括饮食、吸烟、卫生条件、生活方式，或暴露于某些不明因素，都是可能的环境因素，遗传主要是这类患者一级亲属发病率显著高于普通人群。还有认为多种的微生物参与了炎症性肠病的发生与发展，因为临床实验研究发现，在肠道无菌环境下是不发生肠道炎症的，但在肠道正常菌群状态下，则会出现肠道炎症症状。

此外，还与免疫异常有关，炎症性肠病的发病机制可概括为，环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动了难以停止的、发作与缓解交替的肠道天然免疫及获得性免疫反应，导致黏膜屏障损伤、溃疡经久不愈、炎性增生等病理改变。