经常晚上睡觉被肛门痛醒，考虑可能与肛周脓肿、痔疮、肛裂等疾病有关。建议患者出现上述症状时要及时就医，明确诊断，再根据具体病因对因、对症治疗，防止病情恶化，治疗延误。具体如下：

1、肛周脓肿：肛周脓肿为肛周组织的感染性病变，常由肛腺阻塞、肛隐窝感染引起。肛周脓肿在局部脓腔出现于肛门周围时，炎性物质刺激肛周组织可出现剧烈疼痛、红肿瘙痒、肿胀区域可触及波动感以及坐卧不宁、大便干结、里急后重等直肠刺激症状，疼痛症状明显时可出现夜间睡眠中断的情况。治疗以一般性治疗为主，包括调整饮食结构（如禁食刺激性食物、服用润肠软化粪便药物如乳果糖口服溶液）、对症止痛治疗（如使用非甾体药物如布洛芬胶囊、阿司匹林肠溶片、吲哚美辛肠溶片等）、抗感染治疗（外用红霉素软膏或口服敏感性抗生素如头孢拉定胶囊、左氧氟沙星片等，静滴相关敏感性抗生素如注射用头孢哌酮钠他唑巴坦钠、盐酸左氧氟沙星注射液等），温水坐浴等。必要时需行切开引流或其他手术治疗方式（如挂线疗法），术后需要定期换药及冲洗脓腔。

2、痔疮：痔疮是直肠末端黏膜下及肛管皮肤下静脉丛扩张屈曲所形成的静脉团，常由不良的饮食习惯或生活方式所诱发。痔疮临床表现一般以排便时出血和疼痛症状为主，但如果出现内痔脱垂嵌顿、痔核破溃感染或出现血栓性外痔等较为严重的情况时，可出现肛门持续性剧烈疼痛，在夜间疼痛加重出现睡眠中断。此时保守治疗一般效果欠佳，通常需行手术治疗（如单纯痔核切除术、外剥内扎术、吻合器痔上黏膜环切术）等。

3、肛裂：肛裂为齿状线以下肛管皮肤全层的小溃疡，典型临床表现有局部疼痛、便秘和便血。当排便时可感觉撕裂样剧烈疼痛，几分钟后因肛门括约肌受刺激痉挛出现剧烈疼痛复发，排便出现的周期性疼痛为其特征性表现。当肛裂患者夜间如厕排便后继续睡眠，周期性剧烈疼痛症状可导致其难以入睡。其治疗主要有：口服缓泻剂如麻仁丸、蓖麻油、肠舒胶囊等、摄食富含纤维的食物如新鲜的蔬菜水果、改变不良的大便习惯、高锰酸钾溶液坐浴，必要时行手术治疗（如肛裂切除术、内括约肌切断术、皮瓣移植术等）。