对于无症状患者先随访观察，有症状患者可以选择药物或者手术治疗。对于无症状、室间隔肥厚不明显以及心电图正常者，可暂行观察，避免剧烈运动，特别是竞技性的运动以及情绪紧张。

药物治疗可以使用β受体阻滞剂、钙离子拮抗剂。如果出现心衰，可以慎重使用利尿剂，扩血管药物、抗心律失常药物等。手术治疗可以使用室间隔肌切除术，左室流出道严重梗阻的患者适用。另外也可以做经皮腔间隔心肌化学消融术。对于部分患者可以行双腔起搏器的植入，预防猝死，还可以植入心脏复律除颤器等。