长期出现胃消化不良的患者建议做电子胃镜检查，特别是胃药治疗效果不好或反复发作，检查可明确是否存在有胃部的器质性病变或者功能性的胃肠病，以及中老年患者有胃癌家族史，幽门螺杆菌感染，通过胃镜检查可诊断常见的胃病，如慢性胃炎，包括萎缩性胃炎、消化性溃疡、胃食管反流病、胃癌等，有时能够判别有无幽门螺杆菌，这对治疗药物的选择和治疗疗程都有指导意义。

如果是婴幼儿、孕产妇建议暂时不做胃镜，对于婴幼儿和小儿大多是由于饮食不当引起的暂时性消化不良。最好等年长后如果仍然存在有反复消化不良的症状，才有必要做电子胃镜检查。如果是孕妇或产妇，因为电子胃镜检查会影响胎儿，影响哺乳，所以也不建议做胃镜。