肛门里面时不时疼一下，可能是肛窦炎、肛裂、肛周脓肿等疾病引起的，应该根据不同病因进行治疗。具体如下：

第一、肛窦炎，又称为肛隐窝炎，是发生于肛窦、肛门瓣的急性炎症或慢性炎症，多由细菌感染引起。一般长期的便秘、肛门周边的部位卫生比较差、免疫力低下、不良的饮食习惯等原因都会导致肛窦炎的发生。由于肛窦受到细菌感染以后，会出现化脓、发炎性的疾病，可以刺激肛管直肠壁出现一阵一阵疼痛的情况。肛窦炎的患者常见症状还有：里急后重、粪便中带有少量黏液和血液、患者的肛门部位括约肌紧张，触摸患者肛乳头以及肛窦时会有疼痛的感觉等。建议患者尽早对肛窦炎进行治疗，治疗方法选择保守治疗和手术治疗两种方式：保守治疗，肛内局部给药，可以选择甲硝唑栓、替硝唑栓、奥硝唑栓等，局部塞肛，起到局部的消炎作用，同时可以使用抗生素消炎，常用的有阿莫西林胶囊、头孢克洛片、盐酸左氧氟沙星片等等；在保守治疗无效的条件下，可以选择手术治疗，即肛窦切开引流手术，刮掉肛窦内的腐肉，清洗消毒。肛窦炎的患者生活上需要注意清淡饮食，不能吃辛辣刺激、海鲜等食物，同时也要注意练习提肛运动，收缩肛门有助于缓解症状并且减少发作的次数。

第二、肛裂，一般是大便干燥、长期便秘而用力排便引起的，是肛管皮肤的全层裂伤后形成的慢性溃疡。该疾病可便后出血的症状，出血量不多，多为滴血或者在粪便表面有血丝或者手纸上有血，排便后肛门疼痛，呈刀割样或烧灼样疼痛，而且肛裂患者由于肛门括约肌外露，受到外来因素的刺激括约肌持续地痉挛、收缩，就会发生肛门里面时不时疼一下的症状。肛裂患者一定要多吃新鲜蔬菜和水果，多喝水，保持大便通畅，不要吃辛辣刺激性食物。大便后可以温水坐浴，能够缓解肛门括约肌痉挛，减轻疼痛，肛裂用药效果不佳，可能需要手术治疗，即可以采取肛裂切除术或者肛门括约肌松解术等。

第三、肛周脓肿，是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性疾病。肛周脓肿有触痛或压痛，主要表现为局部红肿、体温升高，病情严重者甚至可以出现畏冷、发热等中毒症状。肛周脓肿的患者在坐姿不正确或者是行走的过程当中，由于局部压力的增加，就会出现肛门里面时不时疼一下的症状。初期的肛周脓肿肛门肿，需要口服一些消炎的药物，如头孢呋辛酯片、头孢克肟片、盐酸左氧氟沙星片等抗菌药物。如果肛门局部肿痛感特别明显，患者觉得难以忍受，还可以吃镇痛的药，如氨酚待因片、盐酸曲马多缓释片、布洛芬等等，如果服用药物起效慢、效果差，建议改用静脉滴注抗菌药物，常用第三代类的头孢，如注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠、头孢曲松、头孢他啶等，目的都是为了将感染控制住，不让感染成脓。如果脓肿已经化脓，有波动感，在这种情况下使用消炎药是无效的，需要手术治疗，主要是手术切开引流术。