肛门右侧内部隐隐作痛，很可能是因为痔疮、肛周脓肿、肛瘘等原因导致的，建议及时明确具体的原因之后采取针对性治疗措施，具体如下：

1、痔疮：长期便秘或腹内压增高时会引起肛垫下移或者肛垫内静脉丛出现静脉曲张。当痔疮在齿状线之上，在用力大便时会引起隐隐作痛，可不伴便血症状。症状轻微可采取痔疮膏、痔疮栓纳肛，影响工作及生活时可采取痔切除术、吻合器痔上黏膜环切术、超声引导下痔动脉结扎术等治疗。

2、肛周脓肿：当肛隐窝受到炎症刺激引起感染时，感染灶会沿着肛腺或淋巴引流区域到达肛管直肠间隙引起感染，当脓肿形成时可表现为肛门内隐痛。可在肛门内塞入甲硝唑凝胶、克林霉素磷酸酯凝胶、莫匹罗星软膏等治疗；脓肿较大时，可采取脓肿切开引流术、肛门脓肿根治术等治疗。

3、肛瘘：大多因肛管周围脓肿所引起，当脓肿破溃或引流后，可经直肠和肛周的皮肤形成通道，若粪便样物质经肛门周围瘘口流出，可出现肛门内疼痛。可采取硼酸溶液外敷、高锰酸解溶液坐浴治疗；感染加重时，可在医生指导下口服甲硝唑片、头孢拉定胶囊、头孢克肟分散片等治疗；炎症期过后可采取手术治疗，如肛瘘挂线治疗、肛瘘切开术、肛瘘切除术等。