扁平疣用药后发红发痒可能是正常现象，还可能是病情加重或者药物过敏引起的，不同情况的致病原因不同，具体如下：

1、正常现象：扁平疣跟免疫力低下有一定关系，扁平疣用药后，病情会好转，局部免疫力进而提升，吞噬病毒的细胞会大量繁殖，可能会出现基地部发红、瘙痒等应激反应。随着应激反应慢慢消退，疣体会逐渐萎缩、变小甚至消失，这是疾病好转的正常现象。

2、病情加重：扁平疣是由于感染人乳头瘤病毒引起，可通过直接接触患处传播。自身免疫力低下或过度搔抓皮损都可以诱发病毒大量自身接种，进而扩增、繁殖，导致病情加重，出现用药后发红发痒的症状。

3、药物过敏：过敏原有很多，比如药物、食物、吸入物、接触物等等，这些物质都可以引起机体过敏。治疗扁平疣的外用药可以引起机体过敏，导致患者体内产生一些特殊抗体，进而刺激机体，出现用药后发红发痒的症状。