慢性无菌性尿道炎在临床上又称之为尿道综合征，因为患者性别、症状表现、疾病性质、病程时间等多种与疾病有关的因素不同，治疗也有一定的差异。治疗时间一般在4周以上，具体疗程与治疗方案相关。

女性尿道综合征是一组没有感染和器质性病变的下尿路刺激症状群，又称尿频尿急综合征，多见于中青年已婚妇女，表现为反复发作尿频、尿急、尿痛、耻骨及肾区疼痛、下腹坠胀、尿量减少，每次只排出少许尿液或滴血而尿常规化验正常，中段尿培养阴性。目前本病治疗尚无特效药物，国内外趋向于综合治疗。

根据膀胱尿道功能异常类型采取有针对性的治疗，一是针对症状，二是针对发病因素，如膀胱尿道肌肉痉挛、雌激素水平下降、精神原因等。针对症状药物治疗有α受体拮抗剂，如坦索罗辛、萘哌地尔，解除排尿困难、尿频、尿急等下尿路症状，疗程4周。针对病因治疗有雌激素，改善尿道上皮的营养，增强尿道张力，连用3周后停药1周，抗抑郁药物如盐酸帕罗西汀、阿米替林，改善女性尿道综合征患者躯体和精神两方面的症状，疗程4周。药物治疗时间为4周，4周后进行疗效评定，症状完全消失或者尿液分析完全正常后可停药。对顽固性女性尿道综合征可采用膀胱灌注治疗，大多数患者在灌注后几天内症状消失或明显减轻。当膀胱达到一定容量和压力后，

腹下神经和盆神经纤维激活，电刺激治疗如骨盆底双频电刺激可增大患者膀胱的初感容量及膀胱最大容量，每周3次，每次30分钟电刺激治疗，疗程10周，有效改善尿道综合征症状。

男性尿道炎后综合征（MPUS），是指淋病或者非淋菌性尿道炎经多种抗菌药物治疗后，已无尿道炎的临床及实验室客观依据，但患者仍诉有诸多症状和不适的症侯群。其治疗主要应用α受体阻滞剂如坦索罗辛、萘哌地尔等，非甾体抗炎药如阿司匹林、对乙酰氨基酚、布洛芬、双氯芬酸钠等；心理咨询，必要时以镇静、抗抑郁治疗，药物治疗时间4周以上，待症状完全消失或者尿液分析完全正常后可停药。目前男性尿道炎后综合征（MPUS）在诊断和治疗上没有一个规范化标准，有待性病科、泌尿科共同探讨制定。