治疗脂肪肝的常用药物包括有降脂药，可以选择他汀类力平之等，还可以选择护肝的药物，包括多烯磷酯酰胆碱、水飞蓟素、还原型谷胱甘肽及甘草酸二铵等药物进行护肝治疗。

但脂肪肝的治疗主要是要教育患者控制饮食，增加运动，这是治疗肥胖相关非酒精性脂肪肝的最佳治疗办法，注意要纠正营养失衡，不宜乱服药物。

对于酒精性脂肪肝要教育患者戒酒，这是治疗酒精性脂肪肝的关键。酒精性脂肪肝戒酒四到六周后，脂肪肝可终止进展，最终可恢复正常。彻底戒酒可使轻中度的酒精性肝炎临床症状、血清转氨酶升高乃至病理学改变逐渐减轻，而且酒精性肝炎、肝纤维化患者的存活率也会明显的提高。