大便出现酸臭味主要是由于食物中的蛋白质没有被肠道完全吸收，被细菌分解；或脂肪、糖类物质消化吸收不良所导致。

蛋白质被细菌分解，可产生吲哚、粪臭素，碳化氢、氨气、乙酸、丁酸等，产生明显的酸臭味。功能性消化不良和便秘时，肠道蠕动功能会明显减慢，大便在肠道内积存较长的时间，也容易产生酸臭腐败的气味。

日常生活中多吃新鲜的蔬菜、水果，尤其是粗纤维的蔬菜、适当运动、多饮水，这样可以使肠道通畅，减少粪便在肠内的堆积时间，使大便酸臭味的情况得到明显的改善。