导致慢性结肠炎的因素是比较多的，目前尚未找到导致慢性结肠炎的直接原因，但是研究认为可能与遗传、免疫、环境以及和感染均有关。

第一个为遗传因素，根据现有的临床研究来看，慢性结肠炎患者的直系亲属中发病概率是比较高的。

第二个为自身免疫因素，研究认为本病属于自身免疫性疾病，因为肾上腺皮质激素能够使病情明显的得到缓解。

第三个考虑为环境因素，比如高油脂、高蛋白的饮食，常可以促进本病的发生，还有吸烟、不良卫生条件和生活方式等。

第四个为感染因素。其他原因还包括长期服用避孕药以及非甾体类抗炎药等；还见于反复的食物过敏，都会导致肠道黏膜受损，从而引起慢性结肠炎。