吃益生菌一般不会引起大便发黑，大便发黑可能是饮食或药物作用引起，也可能是上消化道出血引起的，具体如下：

1、食物：大便发黑可能是近期食用的食物引起的，鸭血、猪血、猪肝等含铁量高的动物内脏，黑豆、黑木耳、桑葚等黑色素含量高的食物。动物内脏中含有血红蛋白，血红蛋白与胃酸作用形成酸化正铁血红蛋白（呈黑色），所以吃动物内脏等含铁量丰富的食物后大便是黑色的；而黑豆木耳等因其黑色素含量高，残留在大便中未被吸收而导致大便呈黑色。这种情况不需要治疗。

2、药物：大便发黑可能是近期服用药物引起的，如果近期服用铁剂、炭粉、铋剂、某些中药，人体难以吸收，从而导致大便也会变黑。这种情况对身体基本没有不良影响，一般不需要治疗。

3、上消化道出血：出血性胃炎、消化性溃疡、胃癌、肝硬化等疾病会引起消化道出血，由于血液与胃酸肠液发生消化反应，从而形成黑色大便。建议去医院行胃镜、肠镜检查，后行止血、抗炎、保护胃黏膜治疗。