黑色胎记形成的原因，目前研究得还不清楚，多数认为是在胚胎发育期间受到某些偶然因素的干扰或刺激所导致的，另外与遗传、基因突变也有一定的关系。

黑色胎记比较常见的是太田痣、蒙古斑、先天性色素痣等，它们形成的主要原因是由于色素细胞从神经嵴向表皮移行的过程中出现了异常，而在真皮内发生异常的聚集，就形成了这些黑色的胎记。那么有些黑色胎记，如蒙古斑可随着年龄增加逐渐自行消退，所以不用特殊处理。如太田痣，往往会持续的存在，通常需要使用调Q激光或皮秒激光进行治疗，才能使其消退。