胃肠镜检查是会有痛苦的，胃镜检查是经口进入，通过会咽进入食管，最终到达胃及十二指肠，胃镜经过会咽部时，会引起恶心、呕吐等不适症状。

肠镜检查时因为肠子是瘪的，需要充气才能看清楚肠黏膜病变，充气的过程中会有腹胀的情况，同时肠镜经过弯曲的肠段的时候，也会导致剧烈疼痛，但这种疼痛的程度因人而异，如果平时比较怕痛，就会觉得疼痛非常剧烈的。

为了避免胃肠镜检查当中出现的痛苦，很多病人会选择无痛胃肠镜检查，通过静脉注入麻醉药物，让患者陷入深睡眠的状态完成胃肠镜检查，这样患者就不会有任何的痛苦。