甲亢的并发症主要包括甲状腺相关性眼病、甲状腺功能亢进性心脏病等。

眼病主要表现为浸润性突眼。出现畏光、流泪、结膜充血、水肿、复视、视力减退、眼部肿痛、刺痛和异物感。检查时可发现视野明显缩小、斜视、眼球活动有所受限甚至固定。眼球突出常不对称，眼睑不能闭合，结膜和角膜外露引起角膜溃疡，严重时可出现眼球炎甚至完全失明。

甲状腺心脏病时可出现严重的心律失常。包括房颤、房扑、室性早搏等，心力衰竭、心脏扩大、心绞痛或心肌梗死，在临床上也是很常见的症状。