膝盖后面的腿窝在医学上称为腘窝，跑步后腘窝出现疼痛可能是由于乳酸过多、骨性关节炎或者半月板损伤等原因导致，需要根据具体原因给予针对性的治疗。具体分析如下：

1、乳酸过多：跑步是比较常见的有氧运动，如果在运动时运动量过大，容易导致身体产生比较多的乳酸，若乳酸在腘肌内大量堆积，会刺激肌肉中的化学感受器产生兴奋，兴奋传至大脑皮层，使人产生酸痛的感觉。此时患者可以多饮水，促进体内乳酸的代谢，缓解乳酸堆积的症状；还可以在运动后使用温水淋浴，有利于血液循环，促进新陈代谢；也可以通过按摩、热敷的方式缓解肌肉酸痛的症状。

2、骨性关节炎：跑步可以锻炼身体，但是过度的跑步运动会导致膝关节骨性关节炎的发生。膝关节骨性关节炎可能会对周围的肌肉或骨关节造成一定的影响，除了会出现腘窝处疼痛之外，还有很多患者会出现筋骨疼痛或小腿处疼痛。严重的患者也有可能会影响膝盖韧带，严重影响正常行走。对于早期轻度的膝关节骨关节炎可以选择保守治疗，通过减轻体重，注意关节的保暖，减少膝关节的使用，以及拔罐、热敷、理疗、针灸、按摩等。如果上述治疗方法不能控制症状，可以加用外用消炎止疼的药物，如氟比洛芬凝胶贴膏、洛索洛芬钠贴剂或复方南星止痛膏等；也可以口服消炎止疼的药物，常见的药物有塞来昔布、艾瑞昔布等。

3、半月板损伤：半月板是膝关节中的软骨组织，半月板由韧带和骨骼相连接，如果运动过度，可能会导致骨骼受力，使半月板受到牵拉，这时可能会导致半月板发生磨损，可能会引起关节疼痛和活动受限制的表现。所以，跑步后可能导致膝关节的半月板后角损伤，可出现腘窝疼痛。半月板后角损伤以保守治疗为主，通常采用支具对膝关节进行制动，同时辅以康复锻炼，如股四头肌及髋部的伸肌、屈肌、收肌和展肌等进行等长运动，以保持肌肉的张力，维持膝关节稳定性。保守治疗无效时，可采用关节镜下半月板缝合术和半月板部分切除术治疗。