首先找出引起黄疸的病因，有的黄疸是可以治疗的，如各种病毒感染引起的黄疸，可以予以抗病毒治疗。如先天性胆道闭锁和先天性胆总管囊肿引起的黄疸，可予以手术治疗。有的引起黄疸的病因没有办法根除，但是可以避免发生，如G6PD缺乏引起的黄疸，可避免进食蚕豆及蚕豆制品，或者不要服用氧化类的药物。如果是母乳性黄疸，则不需要特别的处理，一般两到三个月后黄疸可以自行消退。

其次予以对症治疗，如果是间接胆红素增高引起的黄疸，可以照蓝光、静脉运白蛋白、换血等。另外还可以予以退黄及减轻胆汁淤积的药物等。