对半月板囊肿手术后的后遗症，如果操作比较熟练，处理比较好，一般术后后遗症是比较小的。当然，手术也有可能存在以下后遗症，比如说损伤了半月板原有的解剖结构，导致膝关节的疼痛；或者膝部的软骨遭到了损伤，导致软骨的坏死，进而引起疼痛；也可能会出现半月板囊肿切除不全，术后复发等情况。另外，有切口也有可能会出现感染，出现化脓性关节炎等。

对于半月板囊肿而言，轻度的半月板囊肿，如果囊肿比较小，没有引起膝关节的症状，建议不予手术处理。如果囊肿变得很大，而且引起膝关节的疼痛、下蹲困难，或者上下楼梯时疼痛加重的症状，可以考虑采取手术切除，手术采用关节镜的方式进行微创手术。