肠镜检查未见明显的结肠病变，一般不进行活检，除非临床诊断，要求常规取材辅助诊断。取活检的情况包括发现息肉、发现局灶炎症反应、特殊病变、肠道病变、结肠炎症性的改变等。

一、如果发现息肉，通常均需取活检。二、如果发现局灶炎症反应，存在黏膜粗糙也需活检。三、如果还有特殊的病变，如增生的改变、粘膜的血管、腺管异常等。若到达回盲瓣时，即小肠和结肠交界处，表面有糜烂、充血、溃疡等要活检。若进入末端回肠时，出现淋巴滤泡的增生、炎症反应、溃疡白苔等也会取活检。四、肠道病变，既往有结肠炎病史患者，如溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核、伪膜性肠炎等也会活检。有肠病、便血者，在肠道里只看到部分糜烂，无明确的占位性病变时，会按部位取活检确诊有无缺血性肠病，若在显微镜下能看到黏膜小血栓，可进一步诊断。五、结肠炎症性的改变，感染和非感染性质鉴别时，肠道淀粉样变性、肠道血管炎、白塞氏病等确诊。